Столкнулся со случаем когда на всех сайтах и в любом браузере стала появляться всплывающая реклама, одинаковая для всех сайтов. Поначалу заметил проблему только в одном браузере и думал что троян прокрался в куки или js файлы браузера. Но более подробный анализ показал что это не так.

Капнув глубже, понял что проблема не связана с браузерами или самими сайтами, оказалось что вся загвоздка в подмененном DNS сервере в настройках сетевой карты. Вернув настройки сетевой карты к правильным проблема с рекламой пропала.

Ещё ранее сталкивался с одним таким случаем, но там проблема была в подмене популярных доменов в файле hosts (C:\Windows\System32\Drivers\etc).